Қазақстанның ұлттық мақтаныштары болып табылатын түрлерді сақтаудағы референстік деңгейдегі геномдардың маңызы: Каспий итбалығы мен Грейг қызғалдағы мысалында

Бұл мақалада Қазақстандағы биоәртүрлілікті сақтау жөніндегі күш-жігерді қолдау үшін үшінші буын секвенирлеу (TGS) технологияларының әлеуеті берілген. Біз екі эмблемалық түрге - Pusa caspica (каспий итбалығы) және Tulipa greigii - қорғалу қаупі төніп тұрған және жан-жақты геномдық ресурстары жоқ түрлерге назар аударамыз. Бұл шағын шолу Қазақстанды мысал ретінде пайдалана отырып, биоалуантүрлілікті сақтаудағы үшінші ұрпақ секвенциясының (TGS) трансформациялық рөлін көрсетеді. Біз секвенирлеу технологияларын жүйелі түрде салыстыруды немесе барлық қолжетімді геномдық деректерді толық каталогтауды мақсат етпейміз. Біз PacBio HiFi және Oxford Nanopore сияқты TGS платформалары арқылы өндірілген жоғары сапалы саңылаусыз анықтамалық геномдардың популяцияның геномдық денсаулығын бағалау және бейімделу мен ауруға төзімділікпен байланысты гендерді анықтау үшін құнды ақпарат беретін түрлерді сақтау жұмыстарының тиімді құралы болып табылатынын талқылаймыз. Соңында, біз ұлттық геномдық биоәртүрлілік бастамасының бөлігі ретінде ақбөкен, Тазы және Төбет иттері және қызғылт қоқиқаз сияқты ұлттық маңызы бар қосымша түрлерді қосу үшін осы тәсілді кеңейтуді ұсынамыз.

1. Almerekova, S. et al. (2024) ‘Comparative analysis of plastome sequences of seven tulipa L. (Liliaceae Juss.) species from section Kolpakowskianae RAAMSD. Ex Zonn and VELDK. ’, International Journal o f Molecular Sciences, 25(14), p. 7874. doi:10.3390/ijms25147874.

2. Almerekova, S., Yermagambetova, M., Ivashchenko, A., Abugalieva, S., & Turuspekov, Y. (2024). Assessment of Complete Plastid Genome Sequences of Tulipa alberti Regel and Tulipa greigii Regel Species from Kazakhstan. Genes, 15(11), 1447. https://doi.org/10.3390/genes151n447

3. Caspian seal genome: Joint research between Caier and Kaust (2025) Главная - ЦАИЭИ. Available at:https://asianecology.kz/news_eng/tpost/nx2bigjpz1-caspian-seal-genome-joint-research-betwe (Accessed: 14 May 2025).

4. Cui, T. et al. (2023) ‘Chromosome-level genome assembly and population genomic analysis provide novel insights into the immunity and evolution of Sogatella furcifera’, Genomics, 115(6), p. 110729. doi:10.1016/j.ygeno.2023.110729.

5. Dussex, N., van derValk, T., Morales, H.E., Wheat, C.W., Díez-del-Molmo, D. & Allentoft, M.E., 2021. Population genomics of the critically endangered kakapo. Cell Genomics, 1(1), p.100002. DOI: 10.1016/j.xgen.2021.100002

6. Ferrette, B.L. et al. (2023) ‘Seascape genomics and phylogeography of the sailfish (istiophorus platypterus) ’, Genome Biology and Evolution, 15(4). doi:10.1093/gbe/evad042.

7. Formenti, G. et al. (2022) ‘The era of reference genomes in conservation genomics’, Trends in Ecology & Evolution, 37(3), pp. 197-202. doi:10.1016/j.tree.2021.11.008.

8. Gadzhiev, A. et al. (2024) ‘Pinnipeds and avian influenza: A global timeline and review of research on the impact of highly pathogenic avian influenza on pinniped populations with particular reference to the endangered Caspian seal (Pusa CASPICA)’, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 14. doi:10.3389/fcimb.2024.1325977.

9. Gomes-dos-Santos, Andre, Elsa Froufe, Viatcheslav V. Rozhnov, Ivan Bolotov, Ilya G. Meschersky, Sergey I. Meschersky, Maria A. Solovyeva, Fedor V. Klimov, L. Filipe C. Castro, and Manuel Lopes-Lima. 2025. “The Complete Genome Sequence of the Caspian Seal Pusa Caspica (Gmelin, 1788).” Biodiversity Genomes, March. https://doi.org/10.56179/001c.133591.

10. Hogg, C.J., Ottewell, K., Latch, P., Rossetto, M., Biggs, J., Gilbert, A., Richmond, S. & Belov, K., 2022. Threatened Species Initiative: Empowering conservation action using genomic resources. Proceedings o f the National Academy o f Sciences o f the United States o f America, 119(4), e2115643118. https://doi.org/10.1073/pnas.2115643118

11. Huddart, J.E.A., Crawford, A.J., Luna-Tapia, A.L., Restrepo, S., & Di Palma, F. (2022). EBP-Colombia and the bioeconomy: Genomics in the service of biodiversity conservation and sustainable development. Proceedings o f the National Academy o f Sciences o f the United States o f America, 119(4), e2115641119.

12. Karamendin, K. et al. (2024) ‘Viral metagenomic survey of Caspian seals’, Frontiers in Veterinary Science, 11. doi:10.3389/fvets.2024.1461135.

13. Kolora, S.R.R., Randhawa, H., Deisseroth, A., Mukherjee, S., Phuong, M.A., Paten, B. & Lewin, H.A., 2021. Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes. Science, 374(6571), pp.842¬ 847. DOI: 10.1126/science.abg5332

14. Lewin, H.A. et al. (2022) ‘The Earth Biogenome Project 2020: Starting the Clock’, Proceedings o f the National Academy o f Sciences, 119(4). doi:10.1073/pnas.2115635118.

15. Marx, V. (2023) ‘Method of the year: Long-read sequencing’, Nature Methods, 20(1), pp. 6-11. doi:10.1038/s41592-022-01730-w.

16. Mu, W. et al. (2025) ‘The haplotype-resolved T2T genome for bauhinia x blakeana sheds light on the genetic basis of flower heterosis’, GigaScience, 14. doi:10.1093/gigascience/giaf044.

17. Namroodi, S. et al. (2018) ‘Frequency of exposure of endangered Caspian seals to canine distemper virus, Leptospira interrogans, and Toxoplasma gondii’, PLOS ONE, 13(4). doi:10.1371/journal.pone.0196070.

18. Kathrine Torday Gulden (2023) Transnational collaboration to save the caspian seal - NIBIO, Nibio EN. Available at: https://www.nibio.no/en/news/transnational-collaboration-to-save-the-caspian-seal (Accessed: 14 May 2025).

19. Theissinger, K. et al. (2023) ‘How genomics can help biodiversity conservation’, Trends in Genetics, 39(7), pp. 545-559. doi:10.1016/j.tig.2023.01.005.

20. Tussipkan, D., Shevtsov, V., Ramazanova, M., Rakhimzhanova, A., Shevtsov, A., & Manabayeva, S. (2024). Kazakhstan tulips: Comparative analysis of complete chloroplast genomes of four local and 1433253. https://doi.org/10.3389/fpls.2024.1433253

21. Zuccolo, A. et al. (2023) ‘The Gyrfalcon (falco rusticolus) genome’, G3: Genes, Genomes, Genetics, 13(3). doi:10.1093/g3journal/jkad001.

22. ‘Pusa Caspica: Goodman, S. & Dmitrieva, L.’ (2015) IUCN Red List o f Threatened Species [Preprint]. doi:10.2305/iucn.uk.2016-1.rlts.t41669a45230700.en.